纳吉获准以居家服刑方式完成余刑后，围绕这项决定的法律依据、程序透明度及反贪观感的讨论持续发酵。捍卫自由律师团（LFL）、大马独立新闻中心（CIJ）及国际透明组织马来西亚分会（TI-M）相继提出质疑，并要求政府及相关机构进一步说明有关安排。
LFL总监拉尼雅认为，首相拿督斯里安华此前将特赦权归于国家元首的说法，并不能因此让政府完全撇开责任。她援引联邦宪法第42（4）（a）及第42（11）条文指出，国家元首行使特赦权时涉及联邦直辖区特赦委员会的程序。
她说，联邦宪法第40（2）条文所列的国家元首可自行行使裁量权事项，并不包括特赦权，因此政府在相关程序中所扮演的角色仍有必要向公众交代。
拉尼雅也指出，特赦委员会成员包括首相署（联邦直辖区）部长及律政司等人士，因此她认为，政府不应将纳吉居家服刑的决定简单视为与政府无关的事项。
此外，她认为现有监狱法律框架并没有明确列出“居家服刑”这一刑罚执行形式，因此有关安排的法律依据仍有待进一步厘清。她促请特赦委员会重新审视相关决定，并确保后续处理符合宪法及法治原则。
不过，政府方面则强调，纳吉获有条件特赦属于国家元首依据联邦宪法所行使的权力。安华18日表示，政府在过程中负责就法律影响、国家稳定及法治原则提供意见，并强调这项决定不会改变政府打击贪污及滥权的立场。
CIJ执行董事瓦特斯拉则从信息公开角度提出疑问，要求政府说明居家服刑所依据的法律及宪法基础，以及特赦附带的具体条件和执行、监督方式。
他认为，这项涉及前首相的决定具有重大公共利益，当局应让公众了解特赦委员会如何审议有关事项，以及相关条件将如何落实，以避免外界产生待遇不一致的疑虑。
另一方面，TI-M主席雷蒙蓝关注的重点则在反贪形象。他认为，纳吉获得居家服刑安排可能影响公众及国际社会对马来西亚反贪工作的观感。
他说，涉及重大贪腐案件的司法及特赦决定若被社会解读为存在特殊待遇，可能进一步引发外界对法律平等及问责机制的讨论，并影响公众对反贪制度的信任。
雷蒙蓝也指出，马来西亚目前正处于加强治理及恢复公众信心的阶段，因此涉及高层贪腐案件的处理方式，势必受到国内外关注。他强调，无论涉及何种身份，问责、相称性及法律面前人人平等等原则都应获得维护。
根据首相署法律事务组公布的资料，国家元首苏丹依布拉欣已批准给予纳吉有条件特赦，让他在缴付5000万令吉罚款并遵守相关条件的情况下，于2028年8月23日前以居家服刑方式完成余刑；若违反条件，特赦可被撤销，纳吉须返回监狱继续服刑。
