政府将电子发票强制门槛调高至年营业额100万令吉后，预计全国多达80万家微型与小型企业将因此稍作喘息。然而，税务专家提醒，豁免并不代表从此无忧，部分业者反而可能在生意上面临更高风险。
马来西亚中华总商会（中总）总财政兼税务专家拿督孔令龙指出，已有不少大型企业开始拒绝与无法开电子发票的微小企业进行采购合作，部分供应链已出现排斥现象。
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他说，即使拥有豁免资格，业者仍可能“因小失大”。一旦未来门槛调整或制度全面落实，未准备好的企业可能面临合规压力甚至罚款。因此，他建议微型和小型企业趁着这段缓冲期，尽早做好系统准备，并考虑自愿向当局呈报，以减少未来风险。
他强调，比起提高门槛，更紧迫的是让电子发票系统更简单易用。目前频繁更新的操作规则让许多业者感到混淆，尤其是自发发票（Self-billed），容易造成技术与操作上的误解，未来恐引发更多罚款案例。
大马中小企业公会总会长陈棋雄博士则指出，年营业额低于100万令吉的微企中，仍有约70%至80%尚未拥有数字化基础设施，因此此次调整对他们帮助极大。他预计至少有70万家微企因新门槛受惠。
不过，他提醒，政府并未宣布100万令吉以下为永久豁免，仅是回应商界诉求的阶段性调整。对于已购置系统的企业，他建议继续使用以保持良好记录，未来更能从容应对税务合规。
根据SME Corp 2024年数据，全国共有108万6386家微型、小型及中型企业（MSMEs），占全部企业的96.1%。其中，中型企业占1.6%，小型企业占28.2%，而高达70.1%为微型企业。
专家普遍认为，电子发票全面落实只是时间问题。企业越早适应，未来越能减少冲击，也更有机会借此加强内部管理与营运效率。
