近年来，私人诊所与市面药剂房之间出现“一药两价”的现象日益明显，部分药品在诊所的售价比药剂房高出23%至75%。例如，500毫克的扑热息痛（Paracetamol），在私人诊所每颗售价1令吉，但在药剂房只需25仙。
根据《每日新闻》调查显示，用于缓解哮喘的沙丁胺醇（Salbutamol）药片，在私人诊所每片售1令吉，而在药剂房售价仅介于25仙至45仙之间。同样地，治疗胆固醇的阿托伐他汀（Atorvastatin）20毫克，一盒30片在诊所售价约160令吉，而在药剂房则只需约122令吉。另一种4毫克的抗敏药物，在诊所每颗售1令吉，药剂房则只需30仙。
马来西亚穆斯林医生组织（Perdim）主席波依赛医生指出，这种价差主要源于药剂房的进货量大，能从供应商获得更优惠的价格，而私人诊所由于订购数量有限，无法享受类似折扣。此外，诊所还需承担包括租金、员工薪酬、水电费、执照更新及专业培训等一系列经营成本。
他认为，从这个角度看，诊所药价略高属于合理范围，并不算“离谱”。
自5月1日起，卫生部与国内贸易及生活费部联合实施新规，依据2025年《价格控制与反暴利条规（药品标价）》，规定私人诊所必须公开药品价格。卫生部表示，在为期三个月的宣导期内，将不会发出罚单。然而，该措施引起不少全科医生及马来西亚医药协会（MMA）的反对。
波依赛医生批评国内贸易部介入医疗领域并不适当，指出目前尚无官方药价标准，贸然执法恐引发混乱与权责重叠。
吉打州消费人协会（CAKE）秘书莫哈末尤斯里查则指出，根据过去五年的观察，诊所与药剂房之间的药价差距可达30%至40%，对低收入群体尤其是一种负担。他也担忧私人诊所收费持续上涨，如轻微发烧的诊疗费用，从过去的30令吉涨至如今的70令吉。
马来西亚药剂师协会（MPS）主席安拉希则表示，由于诊所需涵盖各类经营成本，医疗价格差异属正常现象。真正让民众感到困扰的，是缺乏一个全民覆盖的医疗融资系统。他指出，目前我国的医疗体系呈现“两极化”——有钱人可选择私立医疗，低收入群体则依赖政府医院，造成资源分配不均。
他呼吁政府参考新加坡、印尼及泰国的做法，推动更全面的国家级卫生融资计划，以实现医疗资源的合理配置和价格透明化。