配合边境通关数码化升级，国家综合移民系统（NIISe）将从3月31日起，分阶段扩展至全国海、陆、空入境处。内政部指出，这项安排旨在加强边境安全，同时提升旅客通关效率。
根据内政部周五发出的文告，首阶段将由柔佛士乃国际机场率先展开，启动日期定在3月31日。接下来，武吉武雅关卡综合大楼（ICQS）将在5月31日接入系统，公主港国际渡轮码头则安排在6月30日落实。
当局表示，这次全面铺开的决定，是依据2025年9月至2026年2月期间进行的试行结果作出。有关测试完成后，当局认为系统已具备进一步扩大实施的条件。
在试行阶段，多项配套措施也同步推进，包括开发MyNIISe手机应用程式、在主要国际机场启用自动通关闸门，以及在苏丹依斯干达大厦和苏丹阿布峇卡大厦等主要入境点落实二维码通关系统。
除了前线通关设施，内政部也同步启动旅客预先安检系统（APSS），并分别在布城、古晋及亚庇设立国家移民指挥中心（NICC）。文告指出，当局也加强高容量数据中心和灾难复原设施，以提升整体数据处理能力及系统安全水平。
截至3月17日，MyNIISe应用程式下载量已超过178万次，注册用户达到89万7673人。其中，61万6730人为大马公民，另有24万6946名用户来自新加坡。
内政部呼吁民众提早下载MyNIISe，以便在系统分阶段全面落实后，更顺利处理入境与通关事务。对大型边境系统而言，分阶段上线除了方便逐步调校运作，也有助旅客和执法单位提早适应新流程，减少正式扩大实施时出现混乱或延误的情况。
